浮游植物是湖泊中重要的生物群落之一。在水產養殖中，人們對浮游植物的識別往往與水體營養水平、污染狀況、資源狀況、生產潛力等指標和標準密切相關。浮游植物是魚蝦蟹貝類的直接或間接餌料，維持微生態平衡，促進魚蝦蟹貝類達到生態防病的目的。因此，浮游植物檢測在生態無公害養殖中可以起到非常重要的作用。
浮游植物檢測水質的指示生物。水質與浮游植物的豐度和群落組成密切相關。浮游植物的減少或過度繁殖表明該地區的水質有惡化的趨勢。根據浮游植物檢測報告，近年來，中國近海浮游植物群落結構發生了較大變化，主要表現為物種多樣性下降，生物量上升趨勢明顯，物種組成結構和優勢種更替明顯，優勢種個體小型化趨勢明顯。
在水產養殖中，不同的養殖方式對水體中浮游植物群落有很大的影響。魚類和貝類的取食活動是影響浮游植物群落結構的重要因素。它們對浮游植物的影響通常涉及種群數量、生物量、生物多樣性和個體大小。人工養殖增加了水體和沉積物中N、P的含量，改變了原有的水化學平衡，也影響了水環境。在水動力學的作用下，影響還可能延伸到鄰近水域的生態系統。
水污染的直接后果之一是浮游植物種類組成的變化。在未污染水體中，藻類種群組成因季節和環境因素而發生變化，但這種變化在特定水體中一般是有規律的;但在污染水體中，種群組成隨污染物和污染程度的不同而變化不規則，特別是那些對低溫等環境變化敏感、有機質含量低、在污染水體中透明度高的藻類。
